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Introduction

This report assesses the AMA Bibliography in regards to different measures and shows some information of the content. It does not assess the content of the sources but rather the bibliometric data.

Cleanliness of the Bibliography

Cleanliness of a bibliography is defined here as the quality of the bibliografic data in the bibliography. It does not concern any topical measures, only measures related to the bibliografic data in the bibliography.

The analysis is at the moment only done for DOIs as corresponding measures are not available at the moment for ISBNs and ISSNs and duplicate ISBNs and ISSNs can be rcorrect as div=fferent chapters of a book might be in the bibliography.

Entries with DOIs, ISBNs or ISSNs in Zotero

To identify a reference, the most widely used identifier is the DOI. The following table shows the number of references with a DOI and the number of unique DOIs.

To consider duplicate ISBNs or ISSNs as duplicates entries in the library is not waranted as e.g. differenc chapters of a book can be separate entries in the library and therefore lead to duplicates.

• DOIs: 3935 (65.47%) - 1219 duplicates
• ISBNss: 533 (8.87%) - 216 duplicates
• ISBNss: 3847 (64.01%) - 3347 duplicates

DOIs in Zotero

The foilowing sections provide some more detailed analysis of the bibliography in Zenodo. The tables all contain clickable links which, shwen clicked, show the respective article in the Zotero bibliograpohy.

Duplicates

The following DOIs are duplicates in the bibliography. This table should be empty.

#|
data.frame(
  doi = bib_data$metrics$zotero_dois$duplicate,
  link = paste0(bib_data$bibliography$url, "/items/", names(bib_data$metrics$zotero_dois$duplicate))
) |>
  dplyr::mutate(
    doi = paste0('<a href="', link, '" target="_blank">', doi, "</a>"),
    link = NULL
  ) |>
  knitr::kable(
    caption = "DOIs in Zenodo which are duplicated",
    escape = FALSE
  )

DOIs in Zenodo which are duplicated

	doi
D3G3L3R7	10.1371/journal.pone.0119952
X3WZHTET	10.1007/s10531-004-1461-x
DQYVX3C4	10.1590/s1676-06032003000200005
NS5C97C7	10.1111/j.1523-1739.2006.00351.x
E99K43H6	10.1016/j.foreco.2009.05.019
BUB9RTCE	10.1353/lar.2011.0033
N5PKUTYH	10.1038/nature09575
TVVJWL8E	10.1111/rec.12174
4CCYCYM3	10.1371/journal.pone.0074496
VUZHNNP4	10.1016/j.biocon.2015.06.019
MIMKXH6C	10.1371/journal.pone.0090600
GJ3FYNJU	10.1038/nature02887
ZJ37552B	10.1021/acs.est.5b01300
KI92JFJQ	10.1146/annurev.energy.28.050302.105532
5C56E7EU	10.1038/nature14910
4SF5XDTP	10.1098/rspb.2014.1799
9G6JS2RR	10.1016/j.gloenvcha.2015.06.007
EF3R3C7J	10.1016/j.foreco.2009.02.024
UIN2AIXD	10.1038/nature09549
Z3F9MRUI	10.1016/j.aquabot.2008.03.010
5HZJA8IA	10.1111/conl.12110
4UV4XLIG	10.1088/1748-9326/6/4/045509
YVNNK5WL	10.1111/1365-2664.12559
9YVQZ6T9	10.1111/j.1365-2486.2007.01470.x
YVL63FRU	10.1038/461472a
LXK9U47Z	10.1111/j.1366-9516.2005.00145.x
ZCN56WYB	10.1007/s10531-008-9366-8
A76CN5P7	10.1111/gcb.13298
6QIJWZL4	10.2307/2389096
5IWKNA67	10.1002/2013JG002569
6XRPHF9H	10.2136/sssaj1989.03615995005300030029x
LJTFWPFE	10.1007/s10113-010-0200-y
QJYUCFVV	10.1016/j.scitotenv.2016.04.200
GFJSBSLA	10.1126/science.1149345
LQ9DDLZR	10.1038/nature09492
ADWSYJG5	10.1007/978-0-387-73412-5_7
M3V7IDTA	10.1525/bio.2010.60.4.7
9LZ7WXF9	10.1016/j.ecolecon.2008.06.014
2BG28PA7	10.1038/520020a
DWU26QFP	10.1029/2005GB002672
TI2YQY76	10.1016/j.gloenvcha.2015.06.007
WY82VM7R	10.1016/j.agee.2015.06.007
T4DD9IAL	10.1016/j.cub.2012.09.036
AV8RWRPA	10.1111/j.1365-2745.2008.01361.x
TSD7NCNT	10.1111/j.1466-8238.2011.00664.x
R7LU6Z2S	10.1016/S0167-8809(99)00028-6
NYEZXFW2	10.1111/jvs.12264
B7SGSWPN	10.1016/j.jglr.2013.06.002
NGRVIN4I	10.1007/s10584-007-9362-0
3JLJY36B	10.1080/14634980701351023
D2N9QBVW	10.1016/S1642-3593(07)70180-5
45AABSE2	10.1111/cobi.12099
6BD8EEWW	10.1111/j.1523-1739.2008.00939.x
6PJDQDVU	10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
QT37PCG3	10.2307/3984219
Q968Y3CA	10.1038/nature16986
S5LCMIRK	10.1016/j.agee.2011.08.012
UZ9E3X3F	10.1111/j.1600-0587.2010.06390.x
W7ZA2HD7	10.1016/j.landurbplan.2014.05.001
9MH9UX36	10.1038/nature09492
Y8SA2J5T	10.1016/j.jembe.2007.06.012
E9M24HT8	10.1017/s0376892905002092
CPMQCW5R	10.1641/0006-3568(2005)055[0863:vonpwt]2.0.co;2
X6URJQQF	10.2307/2663960
3IAM23WB	10.1111/gcb.12012
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XRZ39SQ6	10.1016/j.biocon.2010.05.001
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M269EXDF	10.1111/j.1365-2699.2010.02444.x
W8WGEX6P	10.1016/S1469-3062(03)00052-4
5U3BQ6SD	10.1016/j.biocon.2012.09.020
W3H3M54P	10.1163/15685403-00003482
SAXMRKHP	10.1007/s11258-010-9727-8
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HX823WZ9	10.1016/j.apgeog.2009.12.003
BGW5ZRHE	10.1017/cbo9781107323506.009
YJE2JD54	10.1007/s10530-010-9817-5
J7R3HN3X	10.1111/j.1365-2486.2010.02389.x
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8MLCFCIM	10.1007/s10113-010-0200-y
SJJ5AIJZ	10.1371/journal.pone.0014631
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YE8MFQLC	10.1038/35012241
YG78ULWV	10.1046/j.1526-100X.2000.80048.x
AEGTFIVK	10.4067/s0717-92002014000200007
VAPI7PLC	10.1890/080023
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CV5T6MDI	10.1111/j.1365-2486.2007.01470.x
BSRQZC8J	10.1371/journal.pbio.0040277
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M6J8ZI9M	10.1093/acprof:oso/9780199689347.003.0005
RD5ICCD4	10.1111/j.1365-2745.2008.01361.x
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K7AD8ESB	10.1016/j.landurbplan.2008.10.021
B644I5LX	10.1016/j.ecoser.2012.09.006
GHDK9JIX	10.1098/rstb.2010.0143
ZD8955JD	10.1016/j.ecolecon.2005.04.005
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XWWBJATP	1215
BXEPP8V4	10.1016/j.biocon.2015.06.032
PZBGWFW7	10.1126/science.287.5459.1770
R4DYVA2C	10.1525/bio.2012.62.8.7
BWQ5TB47	10.1016/j.landurbplan.2008.10.021
J5EPMGW9	10.1016/j.ecolecon.2005.04.005
C2AKCIQQ	10.1016/j.agee.2011.07.010
7YVGY6HP	10.1371/journal.pone.0093507
YMK7KM3N	10.1111/j.1523-1739.2005.00680.x
APSZLM53	10.1016/j.aquabot.2007.12.009
TZDMWW7F	10.1016/j.ncon.2015.08.002
VLBVYGRN	10.3763/ijas.2010.0534
GX8N5H9U	10.1890/080023
M4UYVIQI	10.1016/j.ecoser.2014.12.009
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JAXXPQKZ	10.1672/0277-5212(2006)26[889:TCBONA]2.0.CO;2
MKFWXIIM	10.1525/bio.2012.62.8.7
PAW68HTB	10.1093/biosci/biu037
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6RMMCPIU	10.1525/bio.2012.62.8.7
TJDH2G8Y	10.1016/j.tree.2014.02.004
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YPDLB9HC	10.1017/s0376892904001808
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VG8LSUC9	10.1016/j.cosust.2016.12.006
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Y9FK6YGA	10.1126/science.aao3895
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N55L4HC7	10.1073/pnas.0904942106
3IL3CBZ8	10.1016/j.gloenvcha.2012.06.001
R7EIJ9AC	10.1525/bio.2010.60.8.4
AL9JPA68	10.1038/nclimate1533
2TA6KF8K	10.1146/annurev-environ-101813-013230
6JL42MWL	10.1126/science.aai9226
6IWNIGAQ	10.1126/science.1111772
AMTSLIL4	10.1016/j.cosust.2015.03.007
ZVXGIG2F	10.1890/090020
HIFCYKVK	10.1111/conl.12180
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L6JQLTNH	10.1016/S0304-3770(98)00117-X
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KHXUIWSL	10.1007/s12237-012-9521-z
VMF92Y7B	10.1126/science.1248525
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SPEQNDLA	10.1126/science.1217255
9SEESQWZ	10.1080/21513732.2014.997292
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CKAXNKAP	10.1093/biosci/biu146
6UBMLMLK	10.1016/j.tree.2014.09.004
Q2DAFKBB	10.1371/journal.pone.0119881
4HK6I5EX	10.1016/j.cosust.2016.12.006
LWQNPJD7	10.1007/s10021-012-9519-1
ULPDT7UH	10.1126/science.1210026
INBHWG3J	10.1068/a42302
FY4XD2TL	10.1111/j.1749-6632.2009.05162.x
SXWU7QKP	10.1126/science.1146324
CA4LG7PB	10.1371/journal.pbio.0040105
84Q4WWL8	10.1890/11-0306.1
IGD3MDCY	10.3390/su70912807
6PQV6V8B	10.1007/s10750-008-9609-4
5V6VXB7F	10.1038/461472a
45JFTC74	10.1016/j.ecolecon.2008.09.014
IDX83IRB	10.1016/j.techfore.2016.06.009
CGFSGT2M	10.1007/s10584-009-9773-1
2VRVGY2P	10.1016/j.gloenvcha.2014.06.007
VMIM6MC5	10.1007/s11625-015-0352-2
DKP7CQNF	10.1111/cobi.12221
PJMEKBJR	10.1641/0006-3568(2006)56[987:agcfse]2.0.co;2
3X6PSLPV	10.1038/495305a
ERKIKKAW	10.1016/j.ecoser.2017.05.004
U79VSIAG	10.1088/1748-9326/7/1/014039
DWKRPC72	10.1080/19439340903114628
TKFPD88S	10.5751/ES-05873-180226
NG8LULNN	10.1038/ncomms12558
T45UAC37	10.1016/j.biocon.2013.07.039
FFJTLFWQ	10.1126/science.aaa0181
KA4B59DD	10.1088/1748-9326/6/1/014009
GJ9I2QAT	10.1007/s10113-015-0898-7
I7236CVW	10.1126/science.aac7082
EGV6HJ2V	10.1111/cobi.12318
U5SMNXV3	10.1016/j.envres.2015.10.010
3MLPH254	10.1002/ev.297
BMHGUNIE	10.1016/j.jdeveco.2011.06.003
4QBHQVAY	10.1016/j.coastaleng.2013.11.005
S9288V9D	10.1111/j.1755-263X.2011.00220.x
YANLLQCD	10.1371/journal.pone.0014631
MZC3NJTP	10.1016/S1352-2310(03)00007-4
5XFZ5GML	10.1038/495305a
C3U2HC95	10.1017/S0376892902000127
B4HSB7R6	10.1073/pnas.1406485112
EH5FQ5H8	10.1002/eet.585
FE42JTU4	10.1002/hyp.5555
S2IWJ7GK	10.1016/j.ecolecon.2007.12.014
BZ677KDN	10.1111/ajps.12116
EZPPVNPH	10.1111/gcb.12218
77IRLNPC	Artn 1
97K727L2	10.1007/s13280-011-0185-x
G4CJZAKL	10.1016/j.envsci.2010.01.002
KUAAQNYB	10.1641/B570707

Non Standard

All DOIs should be given as only the DOI without the resolver, i.e. not starting withhttp`. The following table shows all entries which do have a non-copnform DOI:

#|

http <- grep("http", bib_data$metrics$zotero_dois$id_raw)
data.frame(
  doi = bib_data$metrics$zotero_dois$id_raw[http],
  link = paste0(bib_data$bibliography$url, "/items/", names(bib_data$metrics$zotero_dois$id_raw)[http])
) |>
  dplyr::mutate(
    doi = paste0('<a href="', link, '" target="_blank">', doi, "</a>"),
    link = NULL
  ) |>
  knitr::kable(
    caption = "DOIs in Zenodo which include a `http`",
    escape = FALSE
  )

DOIs in Zenodo which include a http

	doi
WRYSBLUK	http://dx.doi.org/10.1016/j.pocean.2006.03.003
6PJDQDVU	10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
H5Z7XHKY	10.1038/nature14967 http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7568/abs/nature14967.html#supplementary-information
T2BAU59U	10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
CIITDQBQ	10.1038/nclimate3061 http://www.nature.com/nclimate/journal/vaop/ncurrent/abs/nclimate3061.html#supplementary-information
G8QUZA8P	http://dx.doi.org/10.1016/j.sbspro.2012.07.017
65PGDH5I	http://dx.doi.org/10.1016/j.sbspro.2012.07.017
ANZJUB7T	http://dx.doi.org/10.1016/j.ncon.2015.02.001
KH7IGE68	http://dx.doi.org/10.5751/
5PPZ6IFY	http://dx.doi.org/10.1175/1520-0442(1999)012<2515:LTTIEP>2.0.CO;2
WVDVGVZX	http://dx.doi.org/10.1175/1520-0442(1999)012<2515:LTTIEP>2.0.CO;2
SQXCEM6H	http://www.publish.csiro.au/view/journals/dsp_journals_pip_abstract_Schol ar1.cfm?nid=126&pip=MF14173 Journal

Not Valid

Here we do acheck for the structural validity of the dois. This check needs to be improved. Of these 574 are not valid. These are:

#|

data.frame(
  doi = bib_data$metrics$zotero_dois$not_valid,
  link = paste0(bib_data$bibliography$url, "/items/", names(bib_data$metrics$zotero_dois$not_valid))
) |>
  dplyr::mutate(
    doi = paste0('<a href="', link, '" target="_blank">', doi, "</a>"),
    link = NULL
  ) |>
  knitr::kable(
    caption = "DOIs in Zenodo which ar not valid",
    escape = FALSE
  )

DOIs in Zenodo which ar not valid

	doi
4DVNUTWV	10.1641/0006-3568(2005)055[0399:TDIUC]2.0.CO;2
PQWB7IPF	10.2980/1195-6860(2007)14[482:HIOEEI]2.0.CO;2
PGTBEYCI	En161-3/1-2011E-PDF. EPA 950-R-13-00
CMBH9GAX	10.1603/0013-8746(2000)093[0825:EOUAAR]2.0.CO;2
JU25XC28	10.1890/1051-0761(1997)007[0218:EORDOS]2.0.CO;2
6PJDQDVU	10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
FCFDRZSQ	10.1890/1051-0761(2001)011[0914:PFIOSF]2.0.CO;2
H5Z7XHKY	10.1038/nature14967 http://www.nature.com/nature/journal/v525/n7568/abs/nature14967.html#supplementary-information
RCVHWBL3	10.1672/0277-5212(2005)025[0854:bbcem]2.0.co;2
CPMQCW5R	10.1641/0006-3568(2005)055[0863:vonpwt]2.0.co;2
PZU9UA8S	10.1641/0006-3568(2000)050[0783:aorecb]2.0.co;2
696TZY68	10.1672/0277-5212(2003)023[0541:IWAWQ]2.0.CO;2
HCI7PWER	10.1890/1540-9295(2006)004[0087:ECESAA]2.0.CO;2
JLYDUH76	10.1890/0012-9658(2001)082[0018:DPABNT]2.0.CO;2
MF8XINKJ	DOI: 10.1016/j.marpol.2008.05.002
T2BAU59U	10.1038/nclimate2563://www.nature.com/nclimate/journal/v5/n5/abs/nclimate2563.html#supplementary-information
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JAXXPQKZ	10.1672/0277-5212(2006)26[889:TCBONA]2.0.CO;2
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S6HS6IMX	10.1890/1051-0761(1997)007[0737:HAOTGN]2.0.CO;2
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PJMEKBJR	10.1641/0006-3568(2006)56[987:agcfse]2.0.co;2
77IRLNPC	Artn 1

Not in OpenAlex

To validate the existence and validity of the DOIs, we check if the DOIs are in the OpenAlex database.

Of the 3935 unique DOIs in the library, 574 (14.59%) are in not in OpenAlex. This includes the non-valid DOIS, whci are filtered out in the table below.

data.frame(
  doi = bib_data$metrics$zotero_dois$not_in_oa,
  link = paste0(bib_data$bibliography$url, "/items/", names(bib_data$metrics$zotero_dois$not_in_oa))
) |>
  dplyr::mutate(
    doi = paste0('<a href="', link, '" target="_blank">', doi, "</a>"),
    link = NULL
  ) |>
  knitr::kable(
    caption = "DOIs in Zenodo which ar not in [OpenAlex](https://OpenAlex.org){target='_blank'}",
    escape = FALSE
  )

DOIs in Zenodo which ar not in OpenAlex

	doi
NJ2VZZ8J	10.1016/S0006-3207(00)00063-X
V8PSDSSX	10.1016/S0169-2046(00)00122-5
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XLWUEF4V	10.1590/S1516-89132005000200016
PQWB7IPF	10.2980/1195-6860(2007)14[482:HIOEEI]2.0.CO;2
J254VW5Z	10.4067/S0716-078X2013000400003
XV3HZQ9A	10.1002/2015GL067265
IM6D3CYX	10.1590/S1519-69842011000200011
NWVVFU6A	10.1175/JCLI-D-12-00369.1
PGTBEYCI	En161-3/1-2011E-PDF. EPA 950-R-13-00
2WKJHF7K	10.1002/2014GL062433
CMBH9GAX	10.1603/0013-8746(2000)093[0825:EOUAAR]2.0.CO;2
5IWKNA67	10.1002/2013JG002569
JU25XC28	10.1890/1051-0761(1997)007[0218:EORDOS]2.0.CO;2
DZ8FAIVU	10.1590/S1519-69842011000200010
YQSC989B	10.4067/S0717-92002011000300012
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EJXJACZF	10.1002/2016GL070023
SCPGYS2F	10.1007/BF02393729
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DWU26QFP	10.1029/2005GB002672
8SL9NY22	10.1016/S1040-6182(02)00206-9
F6B3P67Z	10.1007/BF00046928
WRYSBLUK	10.1016/j.pocean.2006.03.003
P6S7TWI2	10.1007/BF02347101
R7LU6Z2S	10.1016/S0167-8809(99)00028-6
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ZSC49D5S	10.1641/0006-3568(2001)051[0373:rnlttg]2.0.co;2
5VVHFZ7P	10.1016/S0367-326X(01)00362-8
GKJSD5II	10.1890/1540-9295(2003)001[0255:PFRMCI]2.0.CO;2
BTZQ9D3E	10.1017/S0031182000086121
QFN74T9J	10.1017/S0031182012001539
GDQ7F9Q8	10.5751/ES-06207-180471
RBXCLCR8	10.1890/1540-9295(2003)001[0065:waysri]2.0.co;2
DKDDV348	10.5751/ES-00655-090204
L6JQLTNH	10.1016/S0304-3770(98)00117-X
PJMEKBJR	10.1641/0006-3568(2006)56[987:agcfse]2.0.co;2
TKFPD88S	10.5751/ES-05873-180226
S9288V9D	10.1111/j.1755-263X.2011.00220.x
MZC3NJTP	10.1016/S1352-2310(03)00007-4
C3U2HC95	10.1017/S0376892902000127
77IRLNPC	Artn 1
KUAAQNYB	10.1641/B570707

TODO Do Exist

TODO Finally we check, if these dois exist but are not ingested into OpanAlex. This is done using the doi.org resolver This is disabled at the moment and still needs o=to be implemented.

Bibliographic analysis

In the bibliographic analysis, we can only analyse the references in OpenAlex as the bibliographic metadata alanised is not in the Zotero liubrary but retrieved from OpenAlex.

Publication types

Works on Zenodo as well as on OpenAlex are of different types. Here we show these separate.

bib_data$figure_types_data |>
  dplyr::arrange(
    from,
    desc(count)
  ) |>
  knitr::kable(
    caption = "Types of documents from the Zotero bibliography as well as from OpenApex."
  )

Types of documents from the Zotero bibliography as well as from OpenApex.

type	count	from
article	3377	OpenAlex
review	300	OpenAlex
book-chapter	39	OpenAlex
letter	16	OpenAlex
book	10	OpenAlex
preprint	10	OpenAlex
erratum	4	OpenAlex
paratext	3	OpenAlex
editorial	2	OpenAlex
dataset	1	OpenAlex
journalArticle	4516	Zotero
book	796	Zotero
bookSection	352	Zotero
report	279	Zotero
conferencePaper	28	Zotero
manuscript	25	Zotero
thesis	14	Zotero

bib_data$figure_types

Zenodo versus OpenAlex Types

The types entered in the Zenodo library and the types as retrieved from OpenAlex are not linked, therefore they can differ, This can indicate problems but not necessarily has to. These cases need to be carefully evaluated and here only a starting point is given.

NA in OpenAlex is likely caused by the doi not found in OpenAlex (not in there, not valid, non-standard DOI in Zenodo). NA in Zotero is linked to non-standard DOI entries (i.e. with http) whcih can therefore not be linked to OpenAlex data. If all DOIs are in standard format, there should be no NAs in this Table in the column Ferom Zenodo.

Improvements should be done after feedback.

bib_data$metrics$types$comparison |>
  knitr::kable(
    col.names = c("Type from Zenodo", "Type from [OpenAlex](https://OpenAlex.org){target='_blank'}", "count"),
    caption = "Table giving the combination of types from Zenodo as well as [OpenAlex](https://OpenAlex.org){target='_blank'} and their frequency"
  )

Table giving the combination of types from Zenodo as well as OpenAlex and their frequency

Type from Zenodo	Type from OpenAlex	count
journalArticle	article	4263
journalArticle	NA	1164
book	NA	796
journalArticle	review	487
NA	article	391
bookSection	NA	352
report	NA	279
journalArticle	book-chapter	40
manuscript	NA	25
conferencePaper	NA	20
journalArticle	letter	18
thesis	NA	14
conferencePaper	article	13
journalArticle	preprint	12
journalArticle	book	12
NA	review	10
NA	book-chapter	7
journalArticle	erratum	6
conferencePaper	book-chapter	2
NA	paratext	2
journalArticle	paratext	1
journalArticle	editorial	1
NA	dataset	1
NA	editorial	1

Year of Publication

bib_data$figure_pub_year

Warning: Removed 1 row containing missing values or values outside the scale range
(`geom_col()`).

Access Status of References

This is checked by using the OpenAlex retrieved works. Therefore it is li=mited to the works that are on OpenAlex. At the moment, only references with a DOI were retrieved from OpenAlex.

bib_data$figure_oa_status

50 Most often cited Journals

Based on the data entered in the bibliography on Zenodo

bib_data$figure_top_journals

This table contains all Journals as specified in the Zotero database.

bib_data$figure_top_journals_data |>
  IPBES.R::table_dt("cited_journals")

Coutries of Institutes of all authors

In this section we will take a closer look at the countries from which ih the authors ot the publication come. THe data comes from OpenAlex and includes all authoirs without weighting.

#|
#| fig-height: 10
#| fig-width: 10

bib_data$figure_top_country_map

This plot only contains the countries with more than 10 references.

#|
#| fig-height: 10
#| fig-width: 10

bib_data$figure_top_country

This table contains all countries and the number of authorship.

bib_data$figure_top_country_data |>
  IPBES.R::table_dt("top_countries")